两层别墅地基的做法需要考虑到整个建筑的重量和地势的情况，建议先进行周边的空地开挖和清理工作。

接着根据设计图，挖出一定深度的基坑，底部铺设一层细碎的石头，再在基坑底部加入钢筋网格、混凝土等材料进行加固，并浇筑混凝土，使之与地面持平。

随后根据建筑结构，对地基进行分层施工。

第一层应选用复合地板或橡胶固定在混凝土层上，作为保温材料，并稍微倾斜以妥善排水。

第二层应先进行钢筋网格铺设，然后将一定厚度的混凝土浇铸在上面，最后进行地面抛光处理，使之与建筑内部整体风格和谐统一。大家施工时需要注意规范操作，确认设计图的技术参数，确保施工质量和建筑的稳固性。