在福清农村自建房办理房产证，需要遵循以下步骤：

申请条件：申请人必须是本乡居民，且仅有一处住宅，户籍所在村是中心村（屯），确实有建设房屋的必要。

提供资料：需要准备本人户口本、身份证以及建房申请。

办理程序：

建房户首先向村委会提出建房申请。

村委会审核同意后，签字盖章。

向乡乡建办提出申请。

乡建办工作人员实地勘察，同意建房后，领取房屋建设申请表。

经乡建办签字同意后，由乡主管领导签字盖章，核实同意。

将申请提交至县规划建设局审批（县行政服务中心）。

建房户领取产权证。

此外，还需要经过村集体经济组织的张榜公示，国土资源管理所及镇社会事务办公室的初审，以及乡镇人民政府和县人民政府的审核和审批过程。宅基地批准后，国土资源所及镇社会事务办公室会到实地批放宅基地，并发放选址意见书、规划许可证、施工许可证（“一书两证”）。房屋建成后，国土资源所会检查是否按批准的面积和要求使用土地，对符合要求的建房户核发集体土地使用证书。最后，村民凭土地使用证及规划许可证申请办理房屋所有权证。