在电视剧《少年神探狄仁杰》中，王元芳的结局是不明确的。在大结局中，他被抓住并被扣押，但实际上他是佯装被抓。之后，他命令禁卫军守住城门，自己前去找皇帝保护他。然而，关于王元芳最后去了哪里并没有明确的信息。

有一些评论和猜测认为他可能已经去世，和童梦瑶一起死了，或者他去找李婉青了。但是，这些都没有得到确切的证实。因此，关于王元芳的结局，目前没有明确的答案。