工程欠款协议书和欠条都是用于记录借款和债务的工具，具体使用哪个取决于实际情况和需求。

工程欠款协议书是一种正式的合同文件，用于明确双方的权利和义务，详细记录借款金额、借款期限、利率、还款方式等重要条款。它通常用于大额借款、长期借款或复杂的借款交易，以确保双方的权益和保护。工程欠款协议书具备法律效力，一旦出现争议，可以依法解决。

欠条是一种简单的借据，通常是一份书面的承诺或确认，记录借贷的基本信息，如借款人、借款金额、借款日期等。欠条相对来说比较简单，格式也较为灵活，适用于小额借款或一般交易中的借款记录。

综合而言，如果涉及到较大金额、较长期限或复杂的借款交易，建议使用工程欠款协议书，以确保交易的合法性和权益保护。如果是一般的小额借款，可以使用欠条作为简单的记录。无论选择哪种形式，都应该在借款人和债权人之间建立透明和诚信的关系，遵守相关法律法规。同时，建议在需要的情况下，咨询专业人士或律师以获取准确的法律意见。