FR4玻纤板和3240环氧树脂板在加工过程中存在一些区别，主要表现在以下几个方面：

材料性质：FR4玻纤板是一种由玻璃纤维和环氧树脂组成的复合材料，具有较高的机械强度和电气性能。而3240环氧树脂板则主要由环氧树脂和填充剂组成，其机械强度相对较低，但具有较好的绝缘性能。

加工工艺：由于FR4玻纤板具有较高的机械强度，因此在加工过程中可以采用更为复杂的工艺，如钻孔、铣削等。而3240环氧树脂板则由于其机械强度较低，加工过程中需要采用更为温和的工艺，如切割、打磨等。

用途：FR4玻纤板由于其优异的机械和电气性能，广泛应用于电子、通信、航空等领域。而3240环氧树脂板则主要用于一些对绝缘性能要求较高的场合，如电器绝缘、电气连接等。

总的来说，FR4玻纤板和3240环氧树脂板在材料性质、加工工艺和用途等方面都存在一定的区别。在选择使用哪种材料时，需要根据具体的应用场景和要求进行综合考虑。