申报特种病种的医保流程包括三个步骤：1.确诊：首先需要确诊患者的特种病种，通常需要在三甲医院或专科医院进行诊断，确诊后医生会开立病历和处方；2.申报：拿到病历和处方后，需要到当地医保局申请特殊病种认定，具体的申请材料和流程可以在医保局网站上查到；3.报销：一旦认定成功，就可以通过医保报销的方式进行治疗，报销比例和标准会根据当地政策和病情情况而有所不同。

内容延伸：医保特殊病种申报需要一定的时间和精力，但是对于患者来说可以获得更为全面和优质的医疗服务，同时也可以减轻患者和家庭的经济负担。

因此，建议患者及时申报特殊病种，合理利用医保政策和资源。