一、性质不同

1、病菌：引起人类疾病的细菌 和病毒,统称为病原菌或致病菌。

2、病毒：一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。

3、细菌：生物的主要类群之一，属于细菌域。

二、特点不同

1、病菌：机体致病的微小生物，其形体微小，它们通过多种途径进入人体，并在人体内繁殖，感染人体。

2、病毒：病毒个体极其微小，绝大多数要在电子显微镜下才能看到。

3、细菌：非常微小而又原始的生物，所以它们的繁殖方式及在培养基上的生长情况与高等动植物细胞有较大的差异。