有合作关系。

因为复旦大学微电子学院和华为公司在芯片技术研究和产业合作等方面有着多年的合作关系，并且双方在2018年还签订了战略合作协议。

据报道，双方的合作内容主要包括：创新研究项目、人才培养与交流、成果共享、产业化合作等多个方面，合作关系紧密。

因此可以判断，复旦微电和华为有合作关系，并且该合作关系十分紧密。