厦门边检总站下辖东渡、高崎、海沧、同益4个出入境边防检查站。

其中，东渡边检站担负同益、东渡、海天、象屿、石湖山、国贸、现代、刘五店等8个货运码头国际航行船舶及其人员的出入境边防检查任务；

高崎边检站担负高崎国际机场国际航班和两岸空中直航航班及其人员的出入境边防检查任务；

海沧边检站担负马銮、博坦、嵩屿、国际货柜、海润、石湖山（煤）、海澳、海鸿、厦船重工、唐龙游艇、华夏电力、翔鹭等12个货运码头国际航行船舶及其人员的出入境边防检查任务；

同益边检站担负厦门国际邮轮中心暨厦金客运码头、五通海空联运码头等两个海港客运码头厦金（台）直航客轮、大型邮轮及其人员的出入境边防检查任务。