应在采收适期内，尽可能选晴天土壤干爽时进行。采收时用锄头挖掘，下锄要离百合主茎7～10厘米，不可太近或太远，如果太近容易损伤鳞茎，太远则采收效率不高。

百合挖掘出土后，要去除泥土，切除茎秆及其肉质须根（须根又称底根，若作鲜食，须根剪留长度不宜超过1厘米；若作种用，须根可留长一些，剪留2厘米即可），要注意轻拿轻放，按大小、优劣分别装箱。大鳞茎除直接销售外，还可加工成产品；小鳞茎作种用。

鲜百合应放在通风处短期摊放等待加工，切不可在阳光下长时间暴晒，以免鳞茎外层鳞片干缩变红，影响品质。对直接摊放在室内地面的百合，严禁踩踏，同时摊放厚度不能过厚，一般摊放3层即可。