住院了才交医保是不可以报销的。医保实行现收现付制，首次参保和断缴后再参保都有生效时间规定，只有医保生效了才能享受报销。

参保人员住院期间产生的检查费是可以报销，如果是门诊产生的费用是不可以报销。因为农村合作医疗报销范围必须是住院产生的费用。

如果CT检查是再住院期间产生的话，就可以进行医保报销，如果不是在住院期间产生的话，就不能进行报销。