如果只有摩托车而名下的汽车违章，根据我国交通法规定，应根据违章情况进行相应的罚款或扣分处理。如果您没有及时处理违章，交警部门可能会采取限制您驾驶摩托车等措施，同时加入人行黑名单，影响信用评级等。因此，建议您及时处理违章，以免后续麻烦和损失。