1、缴纳对象不同，自由职业医疗保险缴纳对象为有收入的人员。而城镇基本医疗保险缴纳对象为：未满18周岁的人员，18周岁以上仍在全日制学校就读人员，18周岁以上城镇非从业居民，低保对象。

2、缴纳费用不同，自由职业医疗保险缴纳金额每年需要三到五千甚至更高不等，具体由当地社保局决定。而城镇居民基本医疗保险缴纳金额一般每年几百元。

3、报销比例不同，自由职业医疗保险报销比例高。而城镇居民基本医疗保险保险比例低。

4、缴纳时间不同，自由职业医疗保险可以每月缴纳，也可以选择年交一次。而城镇居民基本医疗保险则一年只交一次。