已报销的电子发票是可以申请退款的。对单位的财务没有什么影响,只是需要财务出具相关证明资料,凭证明材料到开票方去办理红字发票开具及申请退款手续。

如果原来开的是增值税电子专用发票,且单位已认证抵扣了进项税,则需单位开具增值税专用发票红字信息表,开票方凭红字信息表开具红字增值税专用发票,并将该红字发票金额退回到单位账上。

如果原来开的是增值税电子普通发票,虽然没有电子专票那样在增值税开票系统中去开红字信息表,但也需要出具一个书面证明材料,开票方方可开具红字电子普票,并将该红字发票金额退回到单位账上。