要批量导出Excel并将其中的单个文件加密，可以使用Microsoft Office的加密功能来实现。将需要加密的文件选择并右击，选择“属性”并在“高级属性”中设置密码保护。

在批量导出时，选择“另存为”并选中一个新的文件夹以保存加密文件。这样每个文件都会被加密并要求输入密码才能打开。可以确保文件的安全性和保密性，保护重要信息不被泄露或不法分子窃取。