物流公司是否设有工程部，这主要取决于公司的业务规模、经营范围以及组织架构。一般来说，大型物流公司可能会因为涉及复杂的物流设施建设和维护，而设立专门的工程部。这个部门通常负责物流设施的规划、设计、建设以及日常的维护和管理，确保物流设施的正常运行和高效利用。

然而，对于一些规模较小或专注于特定物流服务的公司，可能就不会设立专门的工程部，而是将相关职责划分到其他部门中。因此，不能一概而论，具体情况还需根据公司的实际情况来判断。