京东逾期违约金的计算方式是按照订单总金额的万分之三每天计算，最高不超过200元。如果订单金额小于100元，则每天收取1元的违约金，最高不超过10元。因此，京东逾期违约金的金额根据订单金额和逾期时间而定，顾客在购买商品时需注意遵守付款截止时间，避免产生违约金。