如果劳动仲裁被申请人不愿意进行调解，仲裁员应当尽力进行调解，但如果申请人仍然拒绝，仲裁员应当根据实际情况依据相关法律法规作出裁决。

申请人的拒绝调解并不影响仲裁的进行和裁决的结果，仲裁员应该公正、客观、法律依据裁决案件。