新农合在医院做胃肠镜的报销流程如下：

1. 就诊前，确保你已经参加新农合并缴纳了相应的保险费。

2. 预约胃肠镜检查并选择一家合作的医院进行检查。在预约时，告知医院你的新农合身份并咨询医院的报销流程和要求。

3. 就诊时，携带包括新农合卡、身份证或其他有效证件等相关材料，到医院前台进行登记挂号。

4. 按照医生的指导完成胃肠镜检查，确保检查过程中所有的费用都被正确记录。

5. 检查结束后，到医院财务科或新农合窗口咨询报销事宜。提供必要的检查及其费用相关票据和单据，如发票、检查费用清单等。

6. 填写相关的报销申请表格，并提交给医院相关人员审核。

7. 医院将审核后的申请表格和票据等资料报送给当地的农村合作医疗管理机构。

8. 农村合作医疗管理机构收到申请后，根据政策相关规定进行审核，确定报销金额。

9. 报销金额将直接划入你的个人参保账户或直接支付给医院。

需要注意的是，具体的报销比例和金额会根据当地的新农合政策和相关规定而有所不同。此外，报销时需要提供正确的病历记录、费用清单和相应的发票等资料，以确保报销顺利进行。如果有其他疑问，可以向医院财务科或当地的新农合管理机构咨询。