夫妻店食品经营许可证的申请需要前往当地的食品药品监管部门进行办理。首先需要准备相关材料，包括个人身份证复印件、营业执照、店面租赁合同以及食品安全管理制度等。

之后按照所在地的流程进行申请，填写申请表并提交相关材料。

工作人员会进行审核，并实地检查店铺卫生、食品质量等情况。如果符合相关标准，就会颁发食品经营许可证。

在申请过程中需要遵守食品安全法律法规，保证经营符合安全、卫生、质量等标准，以确保消费者的健康安全。