如果您在使用论文降重工具后发现文本中的大部分内容都被标记为绿色，可能是因为该工具将相似度较高的内容全部标识为重复内容，包括了原创内容和参考文献等。此时，可以考虑以下几个方面进行处理：

1. 重新审视原始文本：首先应当重新审视原始文本，检查其中是否存在与其他文献相似或者雷同的内容。如果确实存在，需要进一步进行修改和调整，以保证其原创性和独立性。

2. 调整降重工具的设置：有些论文降重工具提供了不同的设置选项，如忽略引用、忽略公式、忽略小片段等。您可以根据实际需求进行相应的设置调整，以达到更好的降重效果。

3. 使用多个降重工具进行比对：不同的降重工具可能会有不同的算法和标准，因此，可以使用多个降重工具进行比对，以获取更加全面和客观的降重结果，并根据比对结果对文本进行相应的调整和修改。

总之，在使用论文降重工具后出现大量绿色标记时，需要重新审视原始文本、调整降重工具的设置或者使用多个降重工具进行比对等操作，以保证文本的原创性和独立性。