生信分析(生物信息学分析)的基本知识主要包括:
1. 序列分析:DNA序列组装、基因预测、功能注释、SNP/InDel分析等。需要掌握一些序列比对工具和算法,如BLAST、Bowtie2等。
2. 表达分析:差异表达分析、聚类分析、相关性分析、靶基因预测等。主要应用RNA-seq、Microarray等组学数据。
3. 网络分析:利用基因表达数据构建基因共表达网络,分析网络拓扑结构和模块。可以使用WGCNA、String等算法或软件。
4. 数据库检索:熟悉主要的生物分子数据库,如GenBank、SwissProt、KEGG等,能进行批量数据检索和下载。
5. 编程分析:需要掌握至少一种编程语言(R、Perl、Python等)进行数据处理、可视化和建模分析。
6. 结果解读:正确解读分析结果,进行统计推断,并综合生物学背景知识进行合理解释。