奶茶店食品经营许可证的网上申请流程包括登陆食品药品监督管理局的网站进行账号注册、填写申请表和上传相关证照、缴纳相关费用、网上预约现场办理等步骤。

提交申请后需等待审核，如无问题，最终颁发许可证。此流程方便快捷，大大节省了申请人的时间和精力。