在于其资金来源和用途不同。

政府性基金票据是指由政府设立的基金所发行的债券，其资金来源主要是通过政府的财政拨款或者收取特定的费用，用途也必须与该基金相关，例如教育基金只能用于教育领域的支出。

而非税收入票据是指政府在履行公共事务过程中所收取的各种费用的凭证，资金来源主要是通过政府对于资源、土地使用的收费以及行政处罚所得到的罚款等。

该类票据的用途则更为灵活，可以用于社会保障、医疗卫生、环保等公共事务的支出。

因此，虽然两种票据均为政府发行，但其资金来源和用途的差异使得其在财政支出上的作用和范围也存在差异。