方舟生存进化飞龙可以通过交配来繁殖。雌雄飞龙需要在游戏中靠近并进行交配动作，然后在交配完成后，雌性飞龙就会产下一个受精卵。这个受精卵在孵化之前需要放入温度适宜的巢穴中进行孵化。孵化后，它将出生并成为一只新的飞龙，可以通过饲养和培育来提高其属性和等级。

同时，飞龙也可以被手工配种，但需要满足特定的条件，并使用适合的材料来制造出正确的配种药剂。