一是主管机构不同。省级医保的主管单位是省医疗保障局下属的省医保中心；市级医保是各个城市的医疗保障局下属的市医保中心和县医保中心。

二是参保的对象不同。省级医保的主要参保对象是省直单位，比如省级机关，省属事业单位，中央派驻省级的办事机构和事业单位，省属企业和央企派驻省级的分支机构，在省市场监管部门登记注册的企业等；市级医保是市级行政区域内的机关事业单位、企业职工和灵活就业人员等。

三是医保制度的规定有区别。目前的我国的医保制度是由各个统筹区制定的，省级医保和市医保属于不同的统筹区，所以对于医保实施细则的规定是不同的，比如医保的个人账户返还的比例，医保住院的报销的比例等，都有很多细微的区别。

四是社保卡有差别。省级医保使用的社保卡，是由省级人社部门发放的，市级医保使用的社保卡是由市级人社部门发放的，上面的盖的公章分别为某某省人力资源社会保障厅或是某某市人力资源社会保障局。