职工在上班期间生病住院了，单位应首先允许其凭医院证明申请病假，病假的长短将根据病情、病历和医生的建议来确定。同时，单位应给予员工一定的物质补助，并且在病假期间按时发放基本工资并缴纳社保。此外，绩效考核工资、岗位补贴和奖金等，可以根据员工实际劳动时间和贡献率情况来发放。

单位应遵循相关法规，确保员工的合法权益得到充分保障。