楼顶种菜专用箱子是否安全需要从多个角度进行考虑。

首先，从建筑结构的角度来看，楼顶种菜专用箱子一般是由塑料、木材等非承重材料制成，不会对屋顶结构产生额外的负担。但是，如果箱子放置不当，例如放置过重或过于集中，可能会对屋顶结构造成损害。

其次，从植物生长的角度来看，楼顶种菜专用箱子可以提供适宜的土壤和水分条件，有利于植物的生长。但是，需要注意的是，植物的蒸腾作用会加强，需要充足的水分，同时箱子的透水性和防水性也需要考虑到。

最后，从公共安全的角度来看，楼顶种菜专用箱子本身不会对公共安全造成威胁。但是，如果箱子放置不当或使用不当，可能会对行人、屋顶工作人员等造成安全隐患。

因此，如果要在楼顶使用专用箱子进行种菜活动，需要合理放置箱子，注意植物的生长条件和防水问题，同时需要遵守相关的安全规定和操作规程。