大多数情况下是在编的。

因为主管部门是事业单位的下级单位，按照国家的编制政策，事业单位下级单位的编制都是要由上级单位进行划分和设定的。

所以大多数情况下，主管部门都是在编人员的。

当然，也有一些特殊情况，例如某些主管部门的职能并不需要很多人员支撑，或者根据财政预算的限制，可能会存在一些岗位未能列入编制等情况。

但总体而言，主管部门是在编人员的情况更为普遍。

此外，在公共部门的改革中，也可能会涉及到人员编制的变动，因此这个问题的答案也可能会随着时代和政策的变化而有所不同。