清明节工厂只休息一天是合法的。

清明节法定的节假日只有一天，如果工厂选择在清明节当天安排员工休息，而在其他时间进行调休，这在法律上是允许的。

如果工厂在清明节当天以外的时间安排员工工作时，需要支付不低于平时工资200%的加班费24。如果工厂选择支付三倍工资并允许员工自愿加班，这种情况不违法