办水果包装工厂需要准备的手续包括：

公司注册：需要确定公司名称、注册地址、经营范围、注册资金等基本信息，并提交给工商部门进行注册登记。

环保许可：由于水果包装工厂涉及到环保问题，因此需要向环保部门申请相应的环保许可证。

食品安全认证：为了保障食品安全，需要向食品监管部门申请食品安全认证，确保工厂的生产环境和产品符合相关标准。

此外，根据当地政策和法规，可能还需要办理其他手续，如消防证、税务登记证等。建议在当地相关部门咨询，了解具体的政策和流程。